Vanaf 1597 had men in ons land de gewoonte om op de vijand veroverde vlaggen in de Ridderzaal aan het Haagse Binnenhof aan het volk te tonen. Het gebruik werd in het leven geroepen door de Staten-Generaal die na de gevechten tegen de Spanjaarden tijdens de Tachtigjarige Oorlog de veroverde vlaggen en vaandels kreeg aangeboden door de secretaris van Prins Maurits. Vervolgens zou gedurende eeuwen de Ridderzaal opgesmukt worden met vlaggen die buitgemaakt waren tijdens de verschillende oorlogen. Deze prachtige trofeeën zijn, via het Paleis op de Dam, uiteindelijk in het Legermuseum terecht gekomen, waar zij de basis van de vlaggencollectie vormen.
De oudste vlaggen uit de collectie van het Legermuseum dateren terug tot de Tachtigjarige Oorlog (1568 - 1648). Soldaten droegen nog geen uniformen, zodat de vlaggen van groot belang waren om vriend en vijand te kunnen onderscheiden. De vlag diende tevens als middelpunt tijdens chaos: het hielp de soldaat zich temidden van het strijdgewoel te oriënteren. De meeste soldaten waren huurlingen, die hun soldij ontvingen van de commandant. Deze had tegen betaling de hele eenheid in dienst gesteld van een vorst. De vlaggen van dergelijke eenheden droegen daarom symbolen die verwezen naar de commandant, die de vlaggen dan ook betaalde. Soms werden deze symbolen gecombineerd met die van de vorst of staat waarvoor gevochten werd of met religieuze afbeeldingen. Aan het vaandel werd veel betekenis gehecht. Het vertegenwoordigde de commandant, het regiment, de godsdienst, het doel van de strijd. Soldaten zwoeren trouw op het vaandel, en verlies van het vaandel was een grote schande. De vaandeldrager, vaandrig geheten, moest het vaandel met zijn leven verdedigen. Vlaggen van grotere eenheden te voet werden vaandels genoemd; bij de ruiterij werd gesproken over standaarden. Deze waren kleiner van formaat en vaak rijkelijk versierd met bewerkelijke motieven. In deze tijd werden ook op schepen vlaggen steeds belangrijker. Er ontstonden scheepsvlaggen, beschilderd met koninklijke wapens. Deze waren, aangezien men ze op grote afstand moest onderscheiden temidden van de zeilen en de tuigage, meters groot.